上编是对于针灸的文献整理，作者从这些古籍中“再发现”了许多原本存在却被后人抛弃的理论，由此深化了对于针灸中许多概念的认识。下编主要是针对一些尖锐问题的探讨，同时反思针灸发展过程中的弯路以及今后的针灸学应当何去何从。
“缺乏对自然的反抗精神”或许是现在的中医对自己的最大限制，医学在中医理论中的地位仅仅排在第三，作为外来者的儒家与道家反而更加重要。张树剑老师在书中提到借助于“法象”来使中药“归经”已涉及虚境，对于这一点我个人并不是十分的认同，根据药物的外形来揣摩其治疗效果其实是具有一定道理的，正如仿生学的应用一般，在面对未知事物的时候，应用此种取类比象的方法是可取的，但是过于执迷与方法论而忽视了对现实的考察，才是步入虚无的原因。
中国古代的自然哲学是古人研究天地规律，认识世界的工具，它代表着一个极具特色的宇宙视野，对于未知的真理给出了自己的一份答卷。到医学面对的并非是不可知的天地之“道”，而是实实在在的人体之“理”，不同的方法论指向的却是相同的人体解剖结构与功能，这是无法避免的问题，中医理论受到哲学影响太深，或者说从哲学家改行中医的人越来越多，也就是所谓的“儒医”。带着“不为良相便为良医”的激愤的这一群书生，喜欢的显然不是血淋淋的人体，而是更接近圣人的经典，于是从宋朝开始，整理文献反而成了医生的天职，这正是我特别反感宋朝医学的一点，而只有到了礼乐崩坏的金元时期，医家才开始重新拾起临床经验，但此时的中医学界显然格局已定，我们顺着自然哲学塑造了理论，如今又是顺着古人的错误继续下去。
“干针”与“针灸”之争指出另一个问题，那就是行业内利益的驱使阻碍了中医的发展。理疗师为了避开美国法律从而谋取私利，因此想要把“干针”独立出来。而如今的中医行业也存在新旧之分，新学派的出现必然会撼动旧学派的地位，而旧学派往往都是德高望重的前辈，学术界的革新一向是一个漫长的过程。更何况，因为国家政策的扶持，各类“伪中医”也想要分一杯羹，从中混水摸鱼，彻底搅乱了本就不平静的业界，外人甚至已经分不清什么才是真正的中医，什么才是招摇撞骗的江湖郎中。如今的中医明面上可以说是顺风顺水，但这对于一个根本上还没有厘清思路的庞然大物来说，也许并不是什么好事。
中医理论究竟是什么呢，合上书页的我，再一次陷入了深深地迷茫与思索。