预言是什么，将未来的事情提前说出来。未来对于我们而言并不可怕，可是，如果有一种超自然力量能预判未来，而这个未来又不可避免，那人们会被这种恐惧未来的力量日益侵蚀。以前觉得未知的事物最可怕，现在觉得已知的灭亡更可怕。
你相信有人真的能预言未来吗？即《尸人庄谜案》后，作者今村昌弘又续写了这部《魔眼之匣谜案》。故事承接上一部，主角叶村让是大学推理爱好会会长，剑崎比留子是唯一的会员。二人通过第一部尸人庄留下的疑问继续调查，在一个叫亚特兰蒂斯的月刊中追寻到幕后集团班目机构。比留子深知自己招来灾祸的体质，本想偷偷一个人去调查，确被叶村监视，最终还是二人一起踏上了这次调查的征程。
喜欢推理小说的朋友，对于阿婆（阿加莎·克里斯蒂）的《无人生还》一定不陌生。这次的魔眼之匣谜案中也多次提到，封闭的空间加上恐怖预言，让人迫不及待揭晓谜底答案。
叶村和比留子决定去班目机构曾经研究超自然能力的地方寻找线索，一个叫做好见的偏远山区，那个研究所就叫做魔眼之匣。沿途中一起野兽突然拦截公交的意外事故，让他们不得不徒步去目的地，也因此结识了一同搭公交的高中生十色真绘理和她学弟茎泽忍。四人来到了好见地区，而这个村庄空无一人，种种迹象显示村民仿佛突然凭空般消失。幸好他们遇见了回村祭拜的朱鹭野小姐和车子坏了来村里寻求让她带路的大学教授狮狮田严熊和儿子纯，还有骑行摩托车没油来寻找汽油的王寺贵士。于是几个人商议由朱鹭野带路来到了魔眼之匣去找有着预言能力的人先见。这8人先是遇到管理魔眼之匣照顾先见的神服女士，得知因为先见的预言未来两天好见将有4名人员牺牲分别是两男两女。因为这个预言早就来拜访先见的亚特兰蒂斯月刊编辑臼井赖太，于是魔眼之匣就集结了这11个人，正当他们拜访先见的时候，好见村民烧毁了他们来时走过的木桥。
由于魔眼之匣建在好见附近的真雁地方，前有断崖后有瀑布和野兽出没的原始森林，唯一出去的道路就是联通好见地区的一座木桥。此刻的魔眼之匣就如同《无人生还》的孤岛，不同的是一开始他们就知道预言。这11人直到意外的地震卷走了臼井赖太的生命，预言开启，剩下的10人不管曾经相不相信预言，他们的内心将经历翻天覆地的变化。还有3个人要接受生命的结束，是静静接受命运安排，还是自我牺牲，更或者是牺牲别人保全自己……预言本身不会伤害人，只有心灵不够坚强的人盲信了预言从而犯下罪行。